Il reparto di Oncologia del Policlinico Sant'Orsola Malpighi di Bologna è considerato un centro d'eccellenza in Italia.In particolare il reparto di oncologia medica è stato certificato nel 2009 come centro europeo di eccellenza dall'ESMO (Società Europea di Oncologia Medica). I responsabili sono i dott. Andrea Ardizzoni e Claudio Zamagni, specialisti di oncologia medica, il dott. Pierandrea De Iaco, oncologia giencologica, e il dott. Michele Cavo, ematologia.

Tra i settori di particolare competenza i tumori dell'apparato gastro-intestinale, i tumori femminili (mammella, ovaio e utero) e i tumori dell'apparato urogenitale. Per quanto riguarda l'oncologia ginecologica nel percorso clinico assistenziale delle neoplasie genitali particolare attenzione è rivolta alla preservazione della fertilità. Strategie terapeutiche innovative, come l'embolizzazione delle arterie uterine e la miolisi con radiofrequenza, sono poi adottate per il trattamento non chirurgico dei fibromi uterini. 

L'istituto di Ematologia è invece accreditato Gitmo (gruppo italiano per il trapianto di midollo osseo) dal 1998.